Discovery Studio Visualizer چیست؟ معرفی کامل و آموزش گام‌به‌گام

زمان تخمینی مطالعه: 0 دقیقه

معرفی نرم‌افزار Discovery Studio Visualizer

Discovery Studio Visualizer یک ابزار بصری‌سازی مولکول‌ها است که برای مشاهده و تحلیل داده‌های پروتئین‌ها و مولکول کوچک استفاده می‌شود.

 نرم‌افزار DS Visualizer از سوی شرکت BIOVIA عرضه شده است و به صورت رایگان قابل دانلود و استفاده می‌باشد، از این نرم افزار می‌توانید برای موارد مختلفی استفاده نمایید، چرا که دارای امکانات متعددی می‌باشد.

می‌توان با استفاده از DS Visualizer پروتئین‌ها و مولکول‌های کوچک را به صورت بصری مشاهده کرد. با استفاده از DS Visualizer داده‌های پراش اشعه ایکس (X-ray scattering data) یا داده‌های NMR دوبعدی را با مدل ساختاری خود به لحاظ همخوانی بررسی و مطابقت نمایید.

با استفاده از DS Visualizer می‌توان خطاها و ایرادات محلی در ساختار پروتئین را شناسایی و رفع کنید. این نرم‌افزار گزارش‌های کامل و جامعی از کیفیت ساختار مورد بررسی را در قالب PDF و XML تولید می‌کند.

یکی از بخش‌های مهم در بررسی‌های طراحی دارو‌، بصری‌سازی ساختار سه بعدی ماکرومولکول‌ها است که نرم‌افزار Discovery Studio Visualizer به شکلی قوی آن را انجام می‌دهد.

کافی است فایل ساختار سه بعدی خود را در این نرم‌افزار باز نمایید و به راحتی به صورت کاملا گرافیکی به بررسی قسمت‌ها مختلف مولکول خود بپردازید. این کار از طریق موس کامپیوتر به راحتی قابل انجام است.

نرم‌افزار DS Visualizer برای دو سیستم‌ عامل ویندوز و لینوکس در دسترس است:

کاربرد‌های نرم‌افزار Discovery Studio Visualizer

از ویژگی‌های نرم‌افزار DS Visualizer می‌توان به موارد زیر اشاره نمود:

• باز کردن فایل‌هایی با فرمت PDB و mmCIF
• رسم دیاگرام راماچاندران در پروتئین‌ها
• رسم نقشه تماس پروتئین
• رسم نمودار هیدورفوبیسیتی پروتئین
• جداکردن ماکرومولکول‌ها از لیگاندهای همراه
• بررسی برهمکنش لیگاند با پروتئین

پیشنهاد: دوره بیوانفورماتیک پروتئین یک دوره جامع و کاربردی در زمینه بیوانفورماتیک پروتئین‌ها است، این دوره برای اولین بار در ایران توسط گروه بیوانفورماتیک وانیار آماده‌سازی و منتشر شده است.

ثبت‌نام در دوره بیوانفورماتیک پروتئین

باز کردن فایل‌ها با فرمت PDB و mmCIF

یک ویژگی خوب نرم‌افزار DS Visualizer این است که می‌توان فایل ساختمان سه‌بعدی پروتئین‌ها را با فرمت‌های مختلف چون PDB و mmCIF در نرم‌افزار باز نمود.

یک ویژگی خوب دیگر این نرم‌افزار امکان تغییر فایل‌ها و ذخیره تغییرات با فرمت‌های دلخواه می‌باشد. همچنین می‌توان لیگاندها و مولکول‌های کوچک دارویی یا فیتوشیمایی را با فرمت mol2 در این نرم‌افزار باز نمود.

رسم دیاگرام راماچاندران در پروتئین‌ها

دیاگرام راماچاندران یک نمودار دو بعدی است که توزیع مقادیر زوایه‌های فای و سای را در ساختار پروتئین نشان می‌دهد.

ابتدا ساختار پروتئین مد نظر را در نرم‌افزار DS Visualizer باز نمایید. به زبانه Chart رفته و پلات راماچاندارن را انتخاب نمایید، در کسری از ثانیه دیاگرام راماچاندران برای شما رسم خواهد شد.

رسم نقشه تماس پروتئین در Discovery Studio Visualizer

نقشه تماس یک روش برای رسم تعاملات بین آمینواسید‌های موجود در یک پروتئین است. با استفاده از نقشه تماس می‌توان به اطلاعات ارزشمندی چون مرز‌ دومین‌ها  موجود در پروتئین پی برد. برای رسم نقشه تماس به به زبانه Chart و نقشه تماس مورد نظر را رسم نمایید.

رسم نمودار هیدورفوبیسیتی پروتئین

این نمودار در پروتئین‌ها نشان می‌دهد که چگونه خاصیت هیدروفوبیک یا هیدروفیلیک زنجیره‌های جانبی آمینواسیدها در طول پروتئین‌ها تغییر می‌کند. به زبانه Chart رفته و از بخش پلات هیدروفوبیسیتی اقدام به رسم نمودار نمایید.

جداکردن ماکرومولکول‌ها از لیگاندها و مولکول‌های همراه

یکی از مهمترین بخش‌های مطالعات دارویی آماده‌سازی لیگاند و رسپتور است. نرم‌افزار DS Visualizer در این زمینه بسیار مفید عمل می‌نماید.

پس از وارد کردن فایل PDB به نرم‌افزار به زبانه Script رفته و اقدام به حذف لیگاند‌های همراه رسپتور نمایید. امکان حذف مولکول‌های آب موجود در فایل PDB نیز در این نرم‌افزار وجود دارد.

بررسی برهمکنش لیگاند با پروتئین در Discovery Studio Visualizer

بررسی و برهمکنش لیگاند با جایگاه فعال یا سایر جایگاه‌های اتصال پروتئین بسیار حائز اهمیت است. نرم‌افزار DS Visualizer برای بررسی برهمکنش‌های لیگاند رسپتور بسیار قوی عمل می‌نماید.

در این نرم‌افزار یک زبانه ویژه برای بررسی برهمکنش‌ها وجود دارد. کافی است به زبانه برهمکنش لیگاند-رسپتور وارد شده و برهمکنش را به سادگی به شکل دو‌بعدی و سه‌بعدی مورد بررسی قرار دهید.

نیازمندی‌های سخت افزاری برای نصب DS Visualizer

این نرم‌افزار برای عملکرد طبیعی خود به سخت‌افزار خیلی قوی نیازمند نمی‌باشد. یک سیستم عادی با سخت‌افزارهای حداقلی برای نصب و استفاده از DS Visualizer کافی است. حداقل پردازنده (CPU) مناسب Intel Cori3 2 GHz و میزان RAM مورد نیاز 4 گیگابایت است.

نتیجه‌گیری

در این مقاله از مجله بیوانفورماتیک وانیار به معرفی نرم‌افزار DS Visualizer پرداختیم، این نرم‌افزار برای برسی ساختاری پروتئین‌ها بسیار مفید است. توصیه ما استفاده از این نرم‌افزار رایگان و کاربر پسند در پروژه‌های بیوانفورماتیکی شما است. Discovery Studio Visualizer توسط شرکت BIOVIA توسعه پیدا کرده که نرم‌افزار‌های بیوانفورماتیکی متعددی تولید و منتشر کرده است.

خوش‌حال میشیم نظرات خودتون رو در مورد تجربه‌کاربری خودتون از این نرم‌افزار رو برای ما در قسمت نظرات ارسال کنید.

پیشنهاد: افزایش فرصت‌های شغلی و تحقیقاتی با شرکت در دوره بیوانفورماتیک عمومی.

ثبت‌نام در دوره بیوانفورماتیک عمومی