دوره بیوانفورماتیک عمومی و کاربردی

جلسه اول: مفاهیم پایه بیولوژی (بخش اول)

جلسه دوم: مفاهیم پایه بیولوژی (بخش دوم)

جلسه سوم: مفاهیم پایه بیولوژی (بخش سوم)

جلسه چهارم: معرفی بیوانفورماتیک

جلسه اول: دیتا / دیتابیس / فایل فرمت

جلسه دوم: معرفی دیتابیس‌های زیستی

جلسه اول: ورود به دنیای NCBI

جلسه دوم: بخش Literature در نتایج Entrez

جلسه سوم: بخش Genes در نتایج Entrez

جلسه چهارم: آشنایی با دیتابیس Gene (قسمت اول)

جلسه پنجم: آشنایی با دیتابیس Gene (قسمت دوم)

جلسه ششم: دسترسی به توالی نوکلئوتیدی

جلسه هفتم: بخش Proteins در نتایج Entrez

جلسه هشتم: آشنایی با دیتابیس Protein

جلسه نهم: بخش Genomes در نتایج Entrez

جلسه دهم: بخش Clinical در نتایج Entrez (قسمت اول)

جلسه یازدهم: بخش Clinical در نتایج Entrez (قسمت دوم)

جلسه دوازدهم: آشنایی با PubChem

جلسه اول: Genome Data Viewer (GDV)

جلسه دوم: UCSC Genome Browser

جلسه سوم: EMBL-EBI و ensemble genome browser (بخش اول)

جلسه چهارم: EMBL-EBI و ensemble genome browser (بخش دوم)

جلسه اول: آشنایی با مفهوم Alignment

جلسه دوم: Pairwise Sequence Alignment (بخش اول) – الگوریتم‌های PSA، روش Dot Matrix، گپ و جریمه‌ گپ (Gap Penalty)

جلسه سوم: Pairwise Sequence Alignment (بخش دوم) – برنامه‌نویسی پویا (Dynamic Programming)  و الگوریتم‌های آن

جلسه چهارم:  Pairwise Sequence Alignment (بخش سوم) – ماتریس‌های نمره‌دهی (Scoring Matrices)

جلسه پنجم: Pairwise Sequence Alignment (بخش چهارم) –  ماتریس PAM و BLOSUM

جلسه ششم: Pairwise Sequence Alignment (بخش عملی)

جلسه اول: جستجوی تشابه و الگوریتم‌های Heuristic 

جلسه دوم: آشنایی با BLAST

جلسه سوم: مثال عملی BLAST (بخش اول) – BLASTN

جلسه چهارم: مثال عملی BLAST (بخش دوم) – BLASTX

جلسه پنجم: مثال عملی BLAST (بخش سوم) – BLASTP

جلسه ششم: مثال عملی BLAST (بخش چهارم) – Primer BLAST

جلسه هفتم: آشنایی با FASTA

جلسه هشتم: مثال عملی FASTA

جلسه نهم: آشنایی با BLAT

جلسه دهم: مثال عملی BLAT

جلسه اول: آشنایی با Multiple Sequence Alignment (بخش اول) – کاربردها و روش‌های MSA، تابع نمره‌دهی (SP score)

جلسه دوم: آشنایی با Multiple Sequence Alignment (بخش دوم) – برنامه‌های انجام MSA، دیتابیس‌های MSA

جلسه سوم: MSA و مدل‌های آماری

جلسه چهارم: کاربرد مدل‌های آماری

جلسه پنجم: نحوه کار با MEGA برای انجام MSA (بخش اول)

جلسه ششم: نحوه کار با MEGA برای انجام MSA (بخش دوم)

جلسه هفتم: نحوه کار با MEGA برای انجام MSA (بخش سوم)

جلسه هشتم: انجام MSA در EBI با ابزارهای آنلاین

جلسه اول: مقدمه‌ای بر انواع RNA

جلسه دوم: سطوح ساختاری ncRNAها

جلسه سوم: دیتابیس Rfam

جلسه چهارم: بررسی ساختار دوم ncRNAها

جلسه پنجم: مدل‌سازی ساختمان سه‌بعدی ncRNAها

جلسه اول: مقدمه‌ای بر بیوانفورماتیک پروتئین

جلسه دوم: پایگاه UniProt

جلسه سوم: پایگاه PDB

جلسه چهارم: مدل‌سازی ساختمان پروتئین با روش همولوژی

جلسه پنجم: دورنمای فراگیری بیوانفورماتیک پروتئین

جلسه اول: آشنایی با Multiomics

جلسه دوم: کاربرد‌ Multiomics در مطالعات مختلف